? 刘恩岐教授课题组构建旱獭综合数据库_陕西省实验动物学学会 bet36娱乐_手机版bet36体育在线_bet36台湾
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刘恩岐教授课题组构建旱獭综合数据库

发稿时间: 2019-08-04 16:45 来源: 西安交通大学

旱獭是松鼠科中体型最大的一种,常称为土拨鼠。在全世界范围内广泛分布,具有冬眠习性。旱獭在乙型肝炎、鼠疫及代谢类疾病的发病机理研究以及相关药物药理、毒理学评价等诸多领域有特殊应用,具有野生动物实验动物化价值和开发前景。

此前,西安交通大学医学部实验动物中心完成了喜马拉雅旱獭的基因组草图的测序工作。从基因组水平提供了喜马拉雅旱獭高海拔适应和冬眠遗传机制的线索,同时为研究旱獭进化,高原疾病,冷适应性提供了宝贵的资源。该研究结果于20191月发表在《iScience》期刊后,引起了广泛的关注。随着高通量测序技术的发展,其他旱獭物种的基因组也陆续公布,如黄腹旱獭、欧洲旱獭等。同时也积累了大量与旱獭生物学特性相关的转录组数据。但是由于数据库的缺乏,研究人员难以高效的利用这些海量的数据。为了让众多研究者能方便地访问这些的数据资源,获取对旱獭生物学功能研究有用的信息或线索,刘恩岐教授课题组整合了现有旱獭基因组、转录组及生物学特性等的相关数据,构建了一个信息含量丰富,使用方便,分析工具齐全的旱獭综合数据库(iMarmothttp://www.marmotdb.org/)。

旱獭数据库由三个主要的功能模块组成:检索模块、分析模块和传送模块。检索模块支持各种检索方式,用户可根据关键词、基因ID、基因名称或者位置查询所有相关信息,包括基因和蛋白质序列、同源基因、共线性、功能注释及基因表达信息等,而且可以链接到相应的数据库,以便进一步获取信息。数据分析模块,用户可以对冬眠和鼠疫感染的转录组数据进行分析,通过改变参数可获取差异基因并进行可视化。此外,我们还整合了一些常用的分析工具,比如BlastMuscleGeneWiseEnrichment analysisJBrowser等。在数据传送模块,用户可以下载所有基因组和转录组的相关数据及数据分析的结果等。

目前,旱獭综合数据库已经对外开放,相信该数据库的发布将为旱獭生物学研究提供一个有利的交流平台。


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